Le Secrétariat de l’ICRI est hébergé par les membres de l’ICRI sur une base volontaire. Depuis 2004, le Secrétariat est coprésidé par un pays développé et en développement. Le Secrétariat de l’ICRI organise son travail grâce à un plan d’action approuvé par les membres de l’ICRI. Afin de mettre en œuvre des actions en vertu de ce plan, le Secrétariat est composé d’une équipe de base qui prend en charge les chaises de l’ICRI. ICRI est actuellement présidé par les États-Unis d’Amérique.

Depuis 2016, Blue Pangolin Consulting agit en tant que représentant administratif désigné (DAR) à l’initiative internationale de récif corallien.